新開発の6速電子制御式オートマチック・トランスミッション「Qトロニック」は、 3.2 JTS Q4に設定され、４つのモードが備わっている。自動変速を行うノーマルモードはシフトレバーを操作することなくアルファ・パワーとフルタイム４WDを楽しむことができる。ワンタッチで、スポーティな走りが楽しめるスポーツモードや、雪道などの滑りやすい路面の発進が容易なウインターモードへの切り替えが可能。シフトレバーを右に倒せばマニュアル・モードになって、シフトレバーを前後に動かすと、シフトアップ＆ダウンが可能となる。 6速セレスピードは、F1の最先端テクノロジーをフィードバックしたATモード付シーケンシャル・トランスミッションで、2.2 JTS Selespeedに搭載される。AT機能のドライブモードと、MT機能のマニュアルモードが付く。マニュアルモードでは、ステアリング上のパドルまたはシフトレバーの操作でMT車のようなギア選択ができる。エンジンとトランスミッションの制御をスポーティに変身させるスポーツシフトも新たに設定された。6速マニュアル・トランスミッション（MT）は、2.2JTSと3.2 JTS Q4に設定されている。